박원순 서울시장이 서울시대책본부장을 자임하며 메르스 예방과 퇴치에 발벗고 나선 가운데 서울시 산하 의료기관이 엇박자를 놓는 일이 발생했다. '정치적 제스처' 소리까지 들어가며 박원순 시장이 고군분투하는 와중에 시 산하 서울의료원에서 메르스 환자 진료 거부 사태가 벌어진 것이다. 이 기막힌 사건은 일단 서울의료원의 공식입장이 아니라 진료부장 개인의 일로 치부되고 있는 듯하다. 하지만 사설도 아닌 시 산하 의료기관의 어처구니 없는 이번 행동은 박원순 시장의 최근 행보에 찬물을 끼얹은 사건으로 받아들여지고 있다. 이같은 사실이 언론 보도를 통해 알려지자 서울시는 해당 진료부장을 보직해임했다.

박원순 시장 관할 하에 있는 이 의료원의 진료부장은 최근 의료진 90여명에게 이메일을 보내 메르스 환자를 받지 말것을 지시(?)했다. 메일의 구체적 내용은 메르스 환자를 진료 또는 치료한 병원을 거쳐온 사람들을 환자로 받지 말라는 것이었다. 호들갑스러울 정도로 메르스 위험성을 강조하며 '최악의 상황'에 대처하려 애쓰는 박원순 시장의 방침과 정면으로 배치되는 행동이었다. 서울의료원은 정부가 지정한 메르스 진료병원 중 하나다.

사건이 발생하자 서울시는 "서울의료원의 공식 입장이 아니다."고 해명하며 사태 진화에 나섰다.

한편 박원순 시장은 메르스 환자가 전염성이 왕성하던 시기에 입원해 있었다는 이유로 양천구의 메디힐병원을 10일부터 2주간 일정으로 폐쇄조치했다고 밝혔다. 이같은 박원순 시장의 행동을 두고 일각에서는 지나치게 불안감을 조성하고 있다는 비판이 제기되고 있다. 

서울의료원과 박원순 시장의 엇박자에 대해 누리꾼들은 어이 없다는 반응을 쏟아내고 있다. 이들은 "박원순 시장은 혼자서 이리 뛰고 저리 뛰는데 서울의료원은 자기들만 살겠나고 저 난리?" "의료기관의 사명의식이 저 정도니 박원순 혼자 아무리 날뛰어 본들..." "박원순 말대로 닥칠 최악의 상황에 대비하려 환자 진료 금지했나보네." "박원순 시장, 서울의료원 폐쇄해서 직원들 전부 실업자 만들어버리세요." "박원순 시장, 서울의료원 사태에 대한 조치가 고작 한사람 보직해임입니까?"라는 등의 의견을 내놓고 있다.